书屋的管理工作主要包括五个方面：一要做好图书接收工作，清点、核对图书、报刊及光盘的总数，建立图书接收登记册；二要做好图书分类工作，把图书分成几个大的类型，了解每类图书的数量；三要做好图书编号工作，给每本图书编号，建立图书分类登记本；四要做好图书上架工作，根据类型及编号排列好图书；五要做好图书保管工作，掌握图书及其他出版物的保管要求。
一、图书接收
当图书及其他出版物送达书屋时，管理员应要求村里派一名村干部或相关人员，一同作为接收人员做好图书接收工作。
1．清点和登记
管理员要亲自清点图书、期刊和报纸以及光盘，并将准确数据登记下来。为方便工作，可以准备一本图书接收登记册，登记下列事项：接收日期、赠送单位、图书或音像的数量、图书接收人员姓名等。接收登记册也可以设计成表格形式。
在清点、登记之后，还应对接收的图书逐一加盖书屋的藏书章或标记章，以便于日后的管理、借阅。
2．制作和保存图书清单
相关单位在为农家书屋赠送图书的时候，一般会配有图书清单，清单上开列有所赠送图书的书名、价格等内容。管理员除了要根据清单核对总数外，还要将图书清单保存好。最好建立图书接收登记册，将清单贴在本上。如果没有图书清单，图书接收人员可以自制。
二、农家书屋图书分类法
1．六大类型
在了解图书的总体情况的基础上，管理员应对全部图书进行分类。由于农家书屋图书数量不多、种类有限，并且内容相对集中，本着简单、实用、便于操作的原则，建议分为六大类：政经类、科技类、生活类、文化类、少儿类、综合类。
政经类主要包括哲学、社会科学总论、政治、法律、军事、经济类图书。科技类主要包括自然科学总论、数理科学和化学、天文学、地球科学、生物科学、农业科学、工业技术、交通运输、航空航天、环境科学、安全科学等图书。生活类主要包括医药卫生以及生活常识类图书。文化类主要包括文教、语言文字、文学、艺术、历史地理类图书。少儿类主要包括各类型图书中少儿读物类图书。综合类主要包括丛书、百科全书、词典、年鉴等图书，或无法确定类别的其他内容的图书。
新闻出版总署信息中心编辑的《农家书屋工程推荐书目专刊》中，是按照《中国图书馆分类法》的22类图书对所推荐图书进行分类的。为便于管理员使用，现将农家书屋分类法的六大类与中图法的22类对照如下表：
2．按类分拣
在分类时，图书的书名、前言、内容简介、目录所提供的信息都可以帮助管理员了解图书的内容，判断图书的类型。管理员还可以参考图书版权页上标注的图书类别来判断图书类型。
判断了图书的类型，就可以将同一类型的书放在一起。接收的全部图书通过逐一判断类型、分拣放置，为下一步的整理做好准备。归类时可以在书脊处贴上标签，注明图书的类型、编号等，以便于日后的管理。如果接收时没有来得及加盖藏书章，应在按类分拣时给图书加盖藏书章。
这里提供一个便于分类管理的小窍门供管理员参考：管理员在图书书脊处贴标签时，可以采用不同颜色的标签。例如政经类图书侧面贴红色标签、科技类图书贴黄色标签。
三、图书编号
图书分类之后，还需要对各类图书中的每本图书进行编号，并把图书编号记录在图书书脊的标签上。这样做一是为了掌握每类书的数量，二是便于图书的上架排列。
为了便于借阅、查找，管理员还应该准备一个图书分类登记本，把各类图书的编号及相关信息填在图书分类登记本上。
1．编号
编号的基本格式是：类型名称+图书序号。如某书屋有100种科技图书，管理员可以将这100种图书编为：科技类1，科技类2，科技类3……科技类100。在编号时，内容相近的图书应尽量集中编在一起。例如，科技类中，作物种植、栽培等图书的编号应集中在一起，家禽、家畜等养殖类图书的编号应集中在一起。
2．登记
图书分类登记本应按图书的六大类型分为几个部分。管理员在填写图书分类登记本时，应将图书按类型分别记录在图书分类登记本的各个部分。登记的图书信息应包括：图书的书名、图书编号、出版社、出版日期、价格和册数。备注栏目可以用来记录图书的损坏或丢失等情况。管理员在准备登记本时，要注意在本上给各类图书登记预留空间，为以后增添的图书预留空间。
四、图书上架
分类并贴完标识后，要及时将图书上架。农家书屋图书陈列与摆放很重要。为便于查找，按照图书分类，应将书架分为六个区域。在每一区域或书架上方要清楚地标明类型名称。在同一区域的书架上，将图书按编号顺序依次摆放。同一书架上按编号顺序由高到低；同一格层里按照编号顺序从左至右。摆放既要方便查找，也要整齐美观。
管理员可根据书屋面积、格局等实际情况，精心安排书架位置、图书摆放顺序，使上架的图书达到最便于查找的效果。
五、图书保管
保证图书存放完好，是管理员应尽的职责。图书保管工作主要应注意以下几点：
防火。书屋内一定要禁止吸烟。管理员要定期检查电路、电源开关，发现损坏及时报修。下班时要关闭电源。书屋内应配备灭火器材，并要放在便于拿到的位置，同时一定要学会使用。
防潮。书屋内要注意保持通风、干燥，防止图书受潮。对受潮的图书，要一页一页地晾开、吹干，防止发霉。要注意受潮图书只能阴干，不能曝晒。
防虫。管理员应在每层书架空处适时摆放一点除虫粉、樟脑丸，防止书页生虫蛀坏图书。要充分提高书刊利用率。
防尘。管理员要注意保持书架、报刊柜架的整洁。还要注意打扫书屋，保持室内卫生，及时清洁桌、凳、书架的灰尘和污渍。
此外，管理员还要及时把图书归类上架，定期清点图书，防止散乱、丢失；要维护好书屋内的基本设施；离开时要注意锁好门窗，做好书屋安全工作。
农家书屋分类法与中国图书馆分类法对照表
农家书屋分类法 中国图书馆分类法
政经类 A、B、C、D、E、F
科技类 N、O、P、Q、R、S、T、U、V、W、X
生活类 各类别中内容以家庭、生活为主的读物
文化类 G、H、I、J、K
少儿类 各类别中以少儿为读者对象的读物
综合类 Z
规范管理可以发挥农家书屋应有的作用。